Мы тут подумали.. Доктор (ещё Десятый) в какой-то серии упоминал про то, что у него были семья и дети. В первой серии Мисси сказала, что они дружили с Доктором с тех пор, как он был девочкой. А ведь раньше Мисси была Мастером. У них между собой сложные отношения. Вроде враги, а вроде дружат. Вывод: что, если Доктор и Мастер раньше были жена и муж, а теперь в разводе?
Тут ещё и можно подсунуть теорию, что Доктор любит Клару, поэтому каким-то чудом с ней обнимается, защищает её сильнее других. Тогда понятно, почему Мисси хочет убить свою соперницу (хех) ---> ревность.
Вот так-то! Моффат на это способен. /"мастерски" объясняю/